R语言应用interactionR包进行亚组相加交互作用分析

在统计分析中交互作用是指某因素的作用随其他因素水平变化而变化,两因素共同作用不等于两因素单独作用之和(相加交互作用)或之积(相乘交互作用)。相互作用的评估是尺度相关的:乘法或加法。乘法尺度上的相互作用意味着两次暴露的综合效应大于(或小于)两次暴露单独效应的乘积。加性尺度上的相互作用意味着两次暴露的综合效应大于(或小于)两次暴露单独效应的总和。
目前在大量文章中只报道了乘法交互效应,而加法交互效应报道得较少。有文献表明,单单只用乘法交互效应低估了疾病协同的危险性,从而低估了发病率。
在这里插入图片描述
Rothman指出 logistic 或 Cox 回归模型中乘积项无统计学意义,
并不表示两因素无相加交互作用,也不表示无生物学交互作用,并从理论上探讨了用于评价因素间是否有区别于相乘交互作用的相加交互作用,以及三个评价指标:相对超危险度比(the relative excess risk due tointeraction,RERI)、归因比(the attributable proportion
due to interaction,AP)和交互作用指数(the synergy in-dex,SI)的构造和计算方法。

以最简单的两因素两水平为例。假设两暴露因子分别为 A、B。1 表示因素存在,0 表示因素不存在,因变量为疾病的发生与否。logistic 回归模型得到的 OR 值,作为相对危险度(RR)的估计值,OR _A0B0 表示 A、B 都不存在时发病的 OR 值,分析时作为参照组;OR _A1B0 表示仅 A 存在、B 不存在时发病的 OR 值;OR _A0B1 表示 A不存在、仅 B 存在时发病的 OR 值;OR _A1B1 表示 A、B共同存在时发病的 OR 值。
Rothman 用于评价相加交互作用的三个指标公式如下:
RERI= OR _A1B1 - OR _A0B1 - OR _A1B0 +1;
AP = RERI / OR _A1B1 ;
SI= (OR _A1B1 - 1) / [(OR _A0B1 - 1) + (OR _A1B0 - 1)]

由此看出:RERI是A和B同时暴露的发病率减去单独A和B的危险度,得出的一个超出部分的危险度。AP就是超出部分的危险度占总危险度的比例。SI就是A和B同时暴露的发病率增加的危险度除以单独A和B的发病增加的危险度。(体会一下)。

下面咱们使用interactionR包进行分析,先导入R包和数据

library(interactionR)
bc<-read.csv("E:/r/test/jiaohu1.csv",sep=',',header=TRUE)

在这里插入图片描述
这是个很简单的数据,oc是结局变量,alc 和 smk是暴露因素。
先建立模型

model.glm <- glm(oc ~ alc * smk,family = binomial(link = "logit"),data = OCdata)

代码很简单,就一句代码

out <- interactionR(model.glm, exposure_names = c("alc", "smk"), ci.type = "mover", ci.level = 0.95, em = F, recode = F)

interactionR包可以直接生成一个做好的word表格,连做表格都帮你省了。

interactionR_table(out)

在这里插入图片描述
这个表格可以在RStudio 的目录(或者你设定的目录)下找到

在这里插入图片描述
怎么看这个表格呢,根据发病的方法比较OR,见下图

在这里插入图片描述
如果将“ci类型”设置为“mover,就会选择variance recovery这种方法

out <-interactionR(model.glm,exposure_names = c("alc", "smk"),ci.type = "mover", ci.level = 0.95,em = FALSE, recode = FALSE)interactionR_table(out)

在这里插入图片描述
两个方法结果都差不多哈。下面演示一个包含三个二元变量数据,outcome 是结局变量, exp1 和exp2是暴露变量

d<-read.csv("E:/r/test/jiaohu2.csv",sep=',',header=TRUE)

在这里插入图片描述
方法基本一样,就是CI这里取的是"delta",recode = TRUE。

model.prev <- glm(outcome ~ exp1 * exp2, family = binomial(link = "logit"), data = d)out1<-interactionR(model.prev,exposure_names = c("exp1", "exp2"),ci.type = "delta", ci.level = 0.95,em = FALSE, recode = TRUE
)interactionR_table(out1)

在这里插入图片描述
我们看到多了个Effect of exp1 within the strata of exp2这个指标,大概的意思是exp1在exp2这个分层的效应。具体详情请参看:Zou GY. On the Estimation of Additive Interaction by Use of the Four-by-two Table and Beyond. American Journal of Epidemiology 2008; 168:212-24.这篇文章。

OK,本期文章结束,公众号回复:相加交互作用数据,可以获得文中两个数据,想进一步了解看下参考文献也是很有帮助的。

参考文献:

  1. Zou GY. On the Estimation of Additive Interaction by Use of the Four-by-two Table and Beyond. American Journal of Epidemiology 2008; 168:212-24.
  2. [1]许敏锐,强德仁,周义红,等.应用R软件进行logistic回归模型的交互作用分析[J].中国卫生统计, 2017, 34(4):4.DOI:CNKI:SUN:ZGWT.0.2017-04-043.
  3. Rothman K, Greenland S (1998). Modern Epidemiology. Lippincott - Raven Philadelphia, USA.
  4. Knol, M.J., VanderWeele, T.J., Groenwold, R.H.H. et al. Estimating measures of interaction on an additive scale for preventive exposures. Eur J Epidemiol 26, 433–438 (2011). https://doi.org/10.1007/s10654-011-9554-9

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.hqwc.cn/news/102985.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系编程知识网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

RabbitMQ:work结构

> 只需要在消费者端&#xff0c;添加Qos能力以及更改为手动ack即可让消费者&#xff0c;根据自己的能力去消费指定的消息&#xff0c;而不是默认情况下由RabbitMQ平均分配了&#xff0c;生产者不变&#xff0c;正常发布消息到默认的exchange > 消费者指定Qoa和手动ack …

TLA+学习记录1——hello world

0x01 TLA是个好工具 编程人员一个好习惯是凡事都想偷懒&#xff0c;当然是指要科学地偷懒&#xff0c;而不是真的偷懒。一直想找到一种能检验写出的代码&#xff0c;做出的设计是否真的完全正确&#xff0c;而不是靠经验检视、代码Review、反复测试去检验。因为上述方法不管怎…

磐基2.0搭建es集群

参考&#xff1a; k8s安装elasticsearch集群 k8s安装elasticsearch集群_k8s部署elasticsearch集群_MasonYyp的博客-CSDN博客1 环境简述搭建es集群需要使用的技术如下&#xff1a;k8s集群、StatefulSet控制器、Service&#xff08;NodePort&#xff09;服务、PV、PVC、volumeC…

[SSM]MyBatisPlus拓展

五、拓展篇 5.1逻辑删除 在电商网站中&#xff0c;我们会上架很多商品&#xff0c;这些商品下架以后&#xff0c;我们如果将这些商品从数据库中删除&#xff0c;那么在年底统计商品的时候&#xff0c;这个商品要统计的&#xff0c;所以这个商品信息我们是不能删除的。 如果商城…

基于SpringBoot + Vue的项目整合WebSocket的入门教程

1、WebSocket简介 WebSocket是一种网络通信协议&#xff0c;可以在单个TCP连接上进行全双工通信。它于2011年被IETF定为标准RFC 6455&#xff0c;并由RFC7936进行补充规范。在WebSocket API中&#xff0c;浏览器和服务器只需要完成一次握手&#xff0c;两者之间就可以创建持久性…

向量数据库Milvus Cloud核心组件再升级,主打就是一个低延迟、高准确度

支持 ScaNN 索引 Faiss 实现的 ScaNN,又名 FastScan,使用更小的 PQ 编码和相应的指令集可以更为友好地访问 CPU 寄存器,从而使其拥有优秀的索引性能。该索引在 Cohere 数据集,Recall 约 95% 的时候,Milvus 使用 Knowhere 2.x 版本端到端的 QPS 是 IVF_FLAT 的 7 倍,HN…

系统架构技能之设计模式-工厂模式

一、开篇 本文主要是讲述设计模式中最经典的创建型模式-工厂模式&#xff0c;本文将会从以下几点对工厂模式进行阐述。 本文将会从上面的四个方面进行详细的讲解和说明&#xff0c;当然会的朋友可以之处我的不足之处&#xff0c;不会的朋友也请我们能够相互学习讨论。 二、摘…

leetcode56. 合并区间(java)

合并区间 题目描述贪心算法代码演示 题目描述 难度 - 中等 leetcode56. 合并区间 以数组 intervals 表示若干个区间的集合&#xff0c;其中单个区间为 intervals[i] [starti, endi] 。请你合并所有重叠的区间&#xff0c;并返回 一个不重叠的区间数组&#xff0c;该数组需恰好…

基于uwb和IMU融合的三维空间定位算法matlab仿真

目录 1.算法运行效果图预览 2.算法运行软件版本 3.部分核心程序 4.算法理论概述 5.算法完整程序工程 1.算法运行效果图预览 2.算法运行软件版本 matlab2022a 3.部分核心程序 ..........................................................................kkk 0; for E…

借助AI分析哥斯拉木马原理与Tomcat回显链路挖掘

前言 本次分析使用了ChatGPT进行辅助分析&#xff0c;大大提升了工作效率&#xff0c;很快就分析出木马的工作流程和构造出利用方式。 分析 首先对该木马进行格式化,以增强代码的可读性。得到如下代码 <jsp:root xmlns:jsp"http://java.sun.com/JSP/Page" vers…

用Airtest快速实现手机文件读写与删除功能

1. 前言 前几天有同学留言&#xff0c;能不能安排“读写手机文件”的示例。我们今天就来实现这个小功能。 当然&#xff0c;熟悉adb的同学&#xff0c;看到这个需求&#xff0c;肯定很开心&#xff0c;不就是一个 adb push 和 adb pull 嘛&#xff0c;非常简单呀。 确实如此…

U盘提示有写保护,处理方式

第一步&#xff1a; 下载ChipGenius&#xff0c;检测U盘的主控产商和型号 主控厂家&#xff1a;安国&#xff0c;主控型号&#xff1a;AU6989SN-GTD 第二步&#xff1a; 根据主控产商和型号,在https://www.upantool.com/liangchan/Alcor/上找到符合型号的量产工具&#xff…