在安装monocle3时，出现报错信息如下：

devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')

显示GDAL版本不对，必须得更新到2.0.1以上，于是尝试更新版本。

sudo add-apt-repository -y ppa:ubuntugis/ppa
sudo apt update 
sudo apt upgrade

 但更新版本后，显示版本仍为1.9.2。

gdalinfo --version

考虑到是在conda环境下进行的安装，系统环境更新了但是conda环境下的gdal版本未更新，为验证这一假设，我deactivate了meta2的conda环境，果然如我所料，系统版本更新为2.2.2。

但由于我R的配置都安装在conda环境，如何更新conda环境中的gdal版本呢？尝试了以下解决方案，在conda环境下，使用conda进行安装时，加上conda-forge

conda install -c conda-forge gdal=2.2.2

看一下版本

gdalinfo --version

Reference:

ubuntugis-stable : “UbuntuGIS” team (launchpad.net)

linux - python GDAL 2.1 installation on Ubuntu 16.04 - Stack Overflow