Linux下R安装配置以及工具包安装方式

安装R

1.下载安装R

# /home/wangwz/packages/R/R-4.3.1下载安装R4.3.1
wget http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/src/base/R-4/R-4.3.1.tar.gztar -zxvf  R-4.3.1.tar.gzcd R-4.3.1
# 注：R-4.0 以上在 configure 时，需要增加一个 --with-pcre1 参数。
./configure --with-readline=no --with-x=no --with-pcre1   --prefix=/home/wangwz/packages/R/R-4.3.1makemake install

2. 配置环境

在 linux中设置环境变量一般使用bash_profile进行配置，环境变量分为两种：

1. /etc/bash_profile 表示系统整体设置 ，生效后系统内所有用户可用。（需要root权限）
2. ~/.bash_profile 只表示当前用户的个人设置，生效后只该用户可用。

这里只介绍配置个人环境，方法如下：

vi .bash_profile # 按"i"可编辑，“ESC”键停止编辑，":wq"退出
export PATH="$PATH:/home/wangwz/packages/R/R-4.3.1/bin"source .bash_profile

3. 命令

# 查看R版本
R --version# 查看R包路径(进入R环境)
> .libPaths()

4.安装R工具包

# tidyverse镜像安装
install.packages ("tidyverse",repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")# git安装
devtools::install_github('chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder')