1.Seqkit提取
seqkit作为一个非常全能的软件，之前有多次利用到，本来早就该学习了，却一直拖欠了下来。这次要进行一个cds序列的提取，所以在此做一个记录。
目标：将含有多个转录本的Pep文件提取出只有t1序列。
提取现在文件的id序列表
seqkit seq pep.fa -n -i -o ft.lst
将id表中的t1保留，其余删除
grep “.t1” ft.lst >ftnew.lst
根据新的id表提取序列
seqkit grep -f ftnew.lst pep.fa -o pepnew.fa
2.awk提取
由于文件给的是多行序列，利用awk时，可以先将多行序列变为一行，再运行，代码如下：
（1）多行变一行
awk '/^>/&&NR>1{print "";}{printf "%s",/^>/?$0"\n":$0}' pep.fa >pep1.fa
/^>/&&NR>1{print "";}表达的意思是开头为>且行数大于1时，打印一个换行符换行
printf表达的意思是格式打印，%s就是打印字符串
/^>/?$0"\n":$0 是一个二维判断运行结构，？前表示匹配条件，如果匹配前面的条件，运行：前的命令，如果不匹配，运行:后面的内容，即，如果该行以>开头，就是标题行，打印该行（$0)并换行(“\n”）,如果不匹配，直接打印该行。
（2）如果识别到t1，则打印这行以及下一行，并继续识别下一行。
awk '/t1/{print;getline;print;next}' pep1.fa>pep2.fa
