文章目录
- 前言
- 从哪里下载 SRA ToolKit
- 如何安装
- 怎么用
前言
事情的起因是从NCBI SRA Database下载数据时的一个报错：
path not found while resolving tree within virtual file system module - 'SRR17******' cannot be found
上次下载数据的时候还是上次，并没有遇到这个问题，所以果断去GitHub搜了搜，提到两个解决方案：
- 借助NCBI的 https 或者 ftp 网址，使用
wget、curl等同类工具替代下载 - 更新sra-tools
没错，我选择第二种解决方案，记录一下😑
触发关键词：Ubuntu系统、非root用户、安装sra-tools
从哪里下载 SRA ToolKit
两种选择：
- 从NCBI主页进去下载界面
打开NCBI，点击图示的Download，再点击新页面的 Download Tools，然后就会看见SRA Toolkit的下载，点击进去就会到对应系统的下载界面
- 直接访问下载界面：https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit
我直接右键Ubuntu那个，然后复制链接 ，https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64.tar.gz，反手一个
wget下载到我想安装的位置
如何安装
下载到我想要位置并解压，操作：
mkdir ~/utils/sra_tools && cd ~/utils/sra_tools
## 下载解压
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64.tar.gz
tar -zxvf sratoolkit.3.0.7-ubuntu64.tar.gz
## 我改了个名
mv sratoolkit.3.0.7-ubuntu64 sratoolkit_307
解压好的目录下有：
到这里就完成 90% 了，最后将这个bin添加到环境中就OK了
# ZSH
echo "export PATH=$HOME/utils/sra_tools/sratoolkit_307/bin:$PATH" >> ~/.zshrc
source ~/.zshrc
# 或者 Bash
echo "export PATH=$HOME/utils/sra_tools/sratoolkit_307/bin:$PATH" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
至此，SRA ToolKit中的工具就可以用了
怎么用
以下载双端测序SRR9974623为例：
# 下载 sra 格式文件
prefetch SRR17510933
# 转换问fastq格式
fastq-dump --split-files SRR17510933
## 或者
fastq-dump --split-3 SRR17510933
详细细节，看帮助文档就好了！！！
