易基因“多区域DNA甲基化检测探针设计及其检测方法”获专利授权!

大家好,这里是专注表观组学十余年领跑多组学科研服务的易基因。

DNA甲基化是表观遗传学研究中,修饰最为稳定,含量最为丰富,对基因调控最为活跃、途径最为广泛的一种修饰。不同基因区域或位点的修饰与胚胎发育、疾病发生和发展密切相关,也是外界环境对机体影响的桥梁。对于DNA甲基化检测,目前已有一系列不同的方法,可针对性应用于不同的样本类型或检测需求。全基因组亚硫酸盐测序(WGBS)可以精确检测每一个胞嘧啶的甲基化水平,该技术检测范围最广,定量检测最准确,但存在费用高的问题。简化基因组甲基化检测技术(RRBS/DRRBS)通过MspI及不同酶切组合,回收酶切产物小片段进行亚硫酸盐处理和测序,可以特异性检测基因组70%左右的启动子和CG岛的部分CG位点,该技术相较于WGBS已将单个样本成本降低至几千元以内,但是距离百元费用的实际应用仍有距离。液相捕获亚硫酸盐甲基化测序技术(LHC-BS),该技术可以随意选取检测基因或基因组区域,通过设计捕获探针钓取原始基因组靶向序列,进一步通过亚硫酸盐处理测序,分析目标基因区间内每一个位点的甲基化水平,该技术对于几十到数百个基因的捕获甲基化临床检测应用,在成本控制、检测周期等方面还需要进一步优化。对于几个基因的甲基化分析,目前在实验室内部大多会通过甲基化特异性PCR扩增电泳或QPCR(MSP)分析,或基因组DNA亚硫酸盐PCR扩增及产物克隆后Sanger测序进行检测。这两种技术分别面临灵敏性、敏感性低和操作繁琐、周期长、成本高的缺点。

针对上述技术问题,易基因发明了一种多基因区域的DNA甲基化检测方法及其探针设计,同时针对扩增产物,构建了一种快速文库建库方法,减少酶种类的使用和简化反应流程,以解决现有技术中基于DNA甲基化多基因扩增的临床检测应用成本高,时间长,效果有限等的问题。

2023年7月14日,深圳市易基因科技有限公司开发的《多区域DNA甲基化检测探针设计及其检测方法》获得专利授权,突破了相关技术的瓶颈。该测序方法名为“靶基因甲基化高通量测序(Target Bisulfite sequencing,Target-BS)”,是易基因科技自2017年开始研发的技术,于2020年申请发明专利,并于今日获得发明授权。

专利申请只是技术的原型和起点,几年来易基因持续对方法进行优化和升级。对目标基因/CpG 位点甲基化检测,易基因建立灵活的靶向甲基化测序技术(Target Bisulfite sequencing,Target-BS)是针对已有目标基因panel组合,运用易基因自主研发的甲基化特异性多重PCR引物设计软件,对亚硫酸盐转化后的目标基因多重扩增,建库后进行超高深度(1000X以上)甲基化精准检测。

技术优势:

  • 多基因多重扩增,检测通量高;
  • 超高深度亚硫酸盐甲基化测序,相对于传统BSP克隆测序,检测灵敏度、准确性高,可准确检测到样本中低于1%的甲基化水平;
  • 样本需求量低,20ng基因组DNA可实现多基因扩增;
  • 适用范围广,对基因组DNA、FFPE样本、游离cfDNA等样本均适用;
  • 检测费用显著低于现有技术、快周期、超高性价比。

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