7+非肿瘤+WGCNA+机器学习+诊断模型,构思巧妙且操作简单

今天给同学们分享一篇生信文章“Platelets-related signature based diagnostic model in rheumatoid arthritis using WGCNA and machine learning”,这篇文章发表在Front Immunol期刊上,影响因子为7.3。

51852cfce2efa239227cb158f17de657.jpeg

结果解读:

DEGs和血小板相关基因的鉴定

作者通过R的“GEOquery”和“limma”包,在数据预处理后获得了GSE93272的基因表达矩阵和临床数据。DEG的选择标准为log2|FC|≥1和adj.P≤0.05。(FC,倍数变化;adj.P:调整后的P值)。作者获得了3776个上调的DEG和4714个下调的DEG(图1A)。每个样品中DEG的表达如图1B所示。

a4626b42b8e12cfb4fae2a485e520f72.jpeg


通过WGCNA识别PRS

作者使用样本聚类树来阐明异常值(图1C)。然后,作者通过WGCNA中的“pickSoftThreshold”函数选择软阈值β(图1D),并识别模块(图1C)。软阈值设置为7。作者进一步开发了一个层次聚类树,每个分支代表具有相似表达和生物功能的基因(图1E)。此外,作者通过计算连通度分析了已阐明模块之间的相互作用(图1F)。


模块的富集度分析

作者使用R中的“clusterProfiler”包进行了GO和KEGG分析,以确定与血小板关系最密切的模块,即模块2。随后,作者对模块2进行了GO和KEGG分析,以确定血小板相关途径(图2A)。图2A所示的参与该途径的基因被鉴定为潜在的PRS候选基因。为了更准确地确定血小板相关途径的活性,作者采用了GSEA。具体而言,作者评估了模块2的GOBP血小板活化(图2B)和GOBP血小板聚集(图2C)的活性。

a8656da793e165fdfce1abaa0f75c7b9.jpeg


PRS模型的构建

作者从作为训练组的GSE93272中获得候选PRS的表达数据。然后,作者利用LASSO算法导出系数剖面图(图3A)和部分似然偏差(图3B)。从这些分析中,作者确定了六个非零系数特征,即MAPK3、ACTB、ACTG1、VAV2、PTPN6和ACTN1,用于构建风险评分模型。

2840abd7abd3f9dca29e7cde260e65e9.jpeg


训练和验证队列中诊断潜力的评估

作者通过计算这些队列中每个样本的风险得分,评估了作者的PRS在训练组和验证组中的预测能力(图4A、C)。随后,作者采用ROC分析来确定作者的模型的诊断潜力。训练组和验证组的AUC值分别为0.801(图4B)和0.979(图4D),表明两个队列的诊断准确性都很高。作者还通过R的“modEVA”应用了精度-召回曲线,以进一步评估其效率。为了区分高风险组和低风险组,作者在训练组中使用了9.08的临界值。

2e705e6c3d6e4f2be917ff4d5471ccb9.jpeg


免疫相关状态和基因分析

为了进一步检查与PRS相关的免疫状态,作者使用单样本基因集富集分析(ssGSEA)来分析免疫景观(图5A)。作者的研究结果表明,活化的CD4/8 T细胞、效应记忆CD4 T细胞、嗜酸性粒细胞、γ-ΔT细胞、肥大细胞、髓源性抑制细胞(MDSCs)和浆细胞样树突状细胞在高危组和低危组之间存在显著差异。此外,作者使用GeneMANIA来确定与PRS最密切相关的前20个基因(图5B)。此外,作者检测了PRS的共表达网络,发现其与凝血、凝血和止血有很强的相关性。

76f9cf7a53771006e13e36d5084ae33d.jpeg




总结

总之,虽然作者的研究突出了PRS作为RA诊断工具的潜力,但还需要进一步研究来解决上述限制,并全面评估作者的方法在RA诊断和管理中的临床实用性。

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.hqwc.cn/news/328937.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系编程知识网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

Python笔记02-基础概念、数据类型及字符串格式化

文章目录 字面量注释变量数据类型标识符运算符字符串数据输入 字面量 在代码中,被写下来的固定的值,称之为字面量 Python中常用的有6种值(数据)的类型 如下变量被直接写在程序中,称之为字面量包括 数字和字符串类型 …

STL标准库与泛型编程(侯捷)笔记3

STL标准库与泛型编程(侯捷) 本文是学习笔记,仅供个人学习使用。如有侵权,请联系删除。 参考链接 Youbute: 侯捷-STL标准库与泛型编程 B站: 侯捷 - STL Github:STL源码剖析中源码 https://github.com/SilverMaple/STLSourceCo…

uniapp:签字版、绘画板 插件l-signature

官方网站:LimeUi - 多端uniapp组件库 使用步骤: 1、首先从插件市场将代码下载到项目 海报画板 - DCloud 插件市场 2、下载后,在项目中的uni_modules目录(uni_modules优点:不需要import引入,还可以快捷更新…

2023全球软件研发技术大会(SDCon2023)-核心PPT资料下载

一、峰会简介 本次峰会包含12大会议主题:云原生设施与平台、微服务架构实践、软件质量与效能、大数据实践与前沿、架构设计与演进、高可用与高性能架构、Web与大前端开发、编程语言与平台、AIGC与大模型、推荐系统实践、AI智能应用与研究、机器学习架构实践。 软件…

二维和三维联合进行圆孔空间定位

0.任务描述 对空间圆孔进行三维空间的定位,方便后续的抓取或装配流程:使用二维图与opencv霍夫圆检测进行二维上的定位,再从深度图上查询深度信息,结合相机内参计算出相机坐标系下圆孔的三维坐标信息,并在点云上进行标…

leetcode算法题之floodfill算法---深搜(dfs)

本章目录 1.图像渲染2.岛屿数量3.岛屿的最大面积4.被围绕的区域5.太平洋大西洋水流问题6.扫雷游戏7.机器人的运动范围 1.图像渲染 图像渲染 class Solution {int dx[4] {0,0,1,-1};int dy[4] {1,-1,0,0};int newColor,prev;int m,n; public:vector<vector<int>&g…

【C++】带你学会使用C++线程库thread、原子库atomic、互斥量库mutex、条件变量库condition_variable

C线程相关知识讲解 前言正式开始C官方为啥要提供线程库thread构造函数代码演示this_threadget_id()yield()sleep_until和sleep_for mutex构造函数lock和unlock上锁全局锁局部锁lambda表达式 try_lock 其他锁时间锁递归版本专用锁recursive_mutex 锁的异常处理lock_guardunique_…

redis可视化工具 RedisInsight

redis可视化工具 RedisInsight 1、RedisInsight是什么2、下载RedisInsight3、使用RedisInsight4、其他redsi可视化工具 1、RedisInsight是什么 RedisInsight 是一个用于管理和监控 Redis 数据库的图形用户界面&#xff08;GUI&#xff09;工具。它是由 Redis Labs 开发的&…

IIS+SDK+VS2010+SP1+SQL server2012全套工具包及安装教程

前言 今天花了两个半小时安装这一整套配置&#xff0c;这个文章的目标是将安装时间缩短到1个小时 正文 安装步骤如下&#xff1a; VS2010 —> service pack 1 —>SQL server2012 —> IIS —> SDK 工具包链接如下&#xff1a; https://pan.baidu.com/s/1WQD-KfiUW…

python实现windows内存看门狗程序(带GUI界面)

python实现windows内存看门狗程序&#xff08;带GUI界面&#xff09; 效果图 1、程序核心 看门狗程序核心&#xff1a; 1、运行特定程序任务进程 2、监控任务管理器上的内存使用率 3、如果超过阈值则关闭该特定程序进程 4、重新开启该特定程序 5、重复过程2持续监控2、程序流…

三种主流流协议的浏览器播放解决方案

三种主流流协议的浏览器播放解决方案 流协议介绍 主流的流协议&#xff08;streaming protocol&#xff09;包括HLS、RTMP、RTSP&#xff0c;下面依次介绍下三种视频流。 HLS HLS&#xff08;Http Live Streaming) 是一个由苹果公司提出的基于HTTP的流媒体网络传输协议&…

【前端设计】文字聚光灯

欢迎来到前端设计专栏&#xff0c;本专栏收藏了一些好看且实用的前端作品&#xff0c;使用简单的html、css语法打造创意有趣的作品&#xff0c;为网站加入更多高级创意的元素。 案例 文字聚光灯效果可以用于网站标题 html <!DOCTYPE html> <html lang"en&quo…