R语言tidycmprsk包分析竞争风险模型

竞争风险模型就是指在临床事件中出现和它竞争的结局事件,这是事件会导致原有结局的改变,因此叫做竞争风险模型。比如我们想观察患者肿瘤的复发情况,但是患者在观察期突然车祸死亡,或者因其他疾病死亡,这样我们就观察不到复发情况了,这种情况下不能把缺失数据仅仅当做右删失处理,这样的话会造成数据的估值错误。这是我们应该优先选择竞争风险模型来做数据分析,而不是COX回归。竞争风险模型在数据挖掘中经常使用到。既往我们在文章《手把手教你使用R语言做竞争风险模型并绘制列线图》和《一步到位:手把手教你R语言竞争风险模型建模-列线图-校准曲线-K折验证-外部验证- 决策曲线》已经介绍了使用cmprsk包绘制和QHScrnomo包进行分析,今天咱们来介绍一下tidycmprsk包,它也是基于cmprsk包进行分析,但是功能更多,绘制图形更加精美。
下面立即开始,先导入数据和R包,使用的是tidycmprsk 包自带的trial数据

library(tidycmprsk)
data(trial)

在这里插入图片描述
这是一个模拟两种化疗药物的模拟治疗肿瘤的数据,数据集包含200名接受药物A或药物B的患者的基线特征。数据集还包含肿瘤对治疗的反应结果。
Trt:化疗的药物,age年龄,marker标记物水平,stage阶段,grade等级,response物流反应,death_cr死亡状态,这个是结局变量,ttdeath时间变量

假设咱们想研究trt不同化疗药物对结局的影响,咱们先来个单因素的分析

out<-cuminc(Surv(ttdeath, death_cr) ~ trt, trial)
out

在这里插入图片描述
咱们可以进一步绘图,如果没有指定,一般是默认第一个结局

out %>%ggcuminc()

在这里插入图片描述
咱们也可以进一步指定,这样清楚一点

out %>%ggcuminc(outcome = c("death from cancer", "death other causes"))

在这里插入图片描述
加上生存分析人数的表格

out %>%ggcuminc(outcome = c("death from cancer")) +add_risktable()

在这里插入图片描述
也可以换个格式显示

out %>%ggcuminc(outcome = c("death from cancer")) +add_risktable(risktable_stats = "n.risk",stats_label = list(n.risk = "Number at Risk"),)

在这里插入图片描述
还可以进一步绘制可信区间

out %>%ggcuminc(outcome = c("death from cancer")) +add_risktable(risktable_stats = "n.risk",stats_label = list(n.risk = "Number at Risk"),)  +add_confidence_interval()

在这里插入图片描述
接下来咱们来演示多因素分析,如果你不指定结局的话,会默认的把第一个结局当成存活,最后一个结局当成竞争风险指标,就是咱们常见的0,1,2形式

crr_mod <- crr(Surv(ttdeath, death_cr) ~ age + trt, trial)
crr_mod

在这里插入图片描述
如上图结果就出来了,结果还表明了选择了癌症为结局。我们也可以指定,我觉得这样比较好点,使用failcode这个参数指定

crr_mod <- crr(Surv(ttdeath, death_cr) ~ age + trt, failcode="death from cancer",trial)
crr_mod

在这里插入图片描述
结果表明药物B相比药物A并没有明显优势。

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.hqwc.cn/news/540247.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系编程知识网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

智能合约开发基础知识:最小信任机制、智能合约、EVM

苏泽 大家好 这里是苏泽 一个钟爱区块链技术的后端开发者 本篇专栏 ←持续记录本人自学两年走过无数弯路的智能合约学习笔记和经验总结 如果喜欢拜托三连支持~ 专栏的前面几篇详细了介绍了区块链的核心基础知识 有兴趣学习的小伙伴可以看看http://t.csdnimg.cn/fCD5E关于区块…

C# WPF中设置图标时出现TypeConverterMarkupExtension异常

异常内容为&#xff1a;System.Windows.Baml2006.TypeConverterMarkupExtension 是因为有些地方比如菜单和左上角默认的图标等&#xff0c;只能使用ico格式的文件&#xff0c;如果设置的是png格式的文件&#xff0c;就会出现此错误&#xff01;通过在线转ico的方式把png转换一…

数码管动态扫描显示

摸鱼记录 Day_16 (&#xff9f;O&#xff9f;) review 前边已经学习了&#xff1a; 串口接收&#xff1a;Vivado 串口接收优化-CSDN博客 1. 今日摸鱼任务 串口接收数据 并用数码管显示 (&#xff9f;O&#xff9f;) 小梅哥视频&#xff1a; 17A 数码管段码显示与动态扫…

1.绪论

目录 1.1 Web原理基础 1.1.1 Internet与万维网 1.1.2 Web架构 1.2 Web前端技术基础 1.2.1 HTML技术 1.2.2 CSS技术 1.2.3 JavaScript技术 1.3 Web前端新技术 1.3.1 HTML5技术 1.3.2 CSS3技术 1.3.3 jQuery技术 1.4 Web开发工具 1.1 Web原理基础 1.1.1 Internet与万…

Github和TeamCity的持续集成构建

一、简介 TeamCity是JetBrains旗下的一款持续集成[Continuous Integration&#xff0c;简称CI]工具&#xff0c;开箱即用。TeamCity提供一系列特性可以让团队快速实现持续集成&#xff1a;IDE工具集成、各种消息通知、各种报表、项目的管理、分布式的编译等等。 二、安装使用(…

Python实时追踪关键点组成人体模型

项目背景 最近遇到这样一个需求&#xff1a; 1&#xff1a;实时追踪关键点组成人体模型&#xff08;手臂包括三个点&#xff1a;手腕&#xff0c;肘关节&#xff0c;双肩&#xff1b;腿部包括胯骨&#xff0c;膝盖&#xff0c;脚踝&#xff09; 2&#xff1a;运用追踪到的关键…

github 中的java前后端项目整合到本地运行

前言: 本文章中所有内容仅供学习交流使用&#xff0c;不用于其他任何目的&#xff0c;不提供完整代码&#xff0c;抓包内容、敏感网址、数据接口等均已做脱敏处理&#xff0c;严禁用于商业用途和非法用途&#xff0c;否则由此产生的一切后果均与作者无关&#xff01; 本文章未…

K8S CNI

OCI基本概念 OCI&#xff0c;Open Container Initiative&#xff0c;开放容器标准&#xff0c;是一个轻量级&#xff0c;开放的治理结构&#xff08;项目&#xff09;&#xff0c;在 Linux 基金会的支持下成立&#xff0c;致力于围绕容器格式和运行时创建开放的行业标准。 OCI…

减资公告重磅上线:批量查询与实时监控,教你如何在公告期洞察企业风险!

官.网地址&#xff1a;合合TextIn - 合合信息旗下OCR云服务产品 新《公司法》将于2024年7月1日起施行。不少企业注意到其中的一大变化&#xff1a;新《公司法》对有限责任公司认缴登记制进行了完善&#xff0c;明确全体股东认缴的出资额由股东按照公司章程的规定自公司成立之日…

全栈的自我修养 ———— python使用绘制工具turtle

实现基础turtle入门 一、下载二、基础知识三、实现效果1、圆2、五3、蛇5、循环的正方形 一、下载 turtle是python中模块中自带的一般不需要下载如果报错如下&#xff0c;需要下载自己下载python-tk模块,详细请看python-tk下载 (mac的话可以直接用brew install python-tk) (my…

工具篇--分布式定时任务springBoot--elasticjob简单使用(1)

文章目录 前言一、elasticjob 介绍&#xff1a;二、elasticjob 使用&#xff1a;2.1 部署zookeeper&#xff1a;2.2 引入库2.2 定义任务&#xff1a;2.3 任务执行&#xff1a;2.4 任务执行控制台输出&#xff1a; 三、elasticjob 启动错误&#xff1a;3.1 KeeperErrorCode Ope…

JavaWeb(二)

目录 二、JavaScript 1.定义 2.js引入方式 1.内部脚本 2.外部脚本 3.js基本语法 1.书写语法 2.变量 3.数据类型、运算符、流程控制语句 1.原始类型 2.引用类型 3.运算符 4.类型转换 1.字符串类型转为数字&#xff1a; 2.其他类型转为boolean&#xff1a; 5.流程…