JEDI：变形下分子和周期系统应变分析的通用代码

拉伸或压缩会引起材料显着的能量、几何和光谱变化。为了在机械或压致变色材料、自修复聚合物和其他机械响应装置的设计中充分利用这些效应，必须详细了解材料中机械应变的分布。在过去的十年中，能量分布判断 (JEDI) 分析已成为实现此目的的有用工具。基于调和近似，使用量子化学方法计算变形系统的每个键长、键角和二面角的应变能。这使得可以识别系统的受力支架，从而从最基本的层面理解机械化学过程。在这里，我们提供了一个公开的代码，该代码概括了 JEDI 分析，该分析以前仅适用于孤立的分子。现在，该代码已扩展到二维和三维周期系统、超分子簇以及各种变形下化学系统的子结构。由于 JEDI 在原子模拟环境 (ASE) 中的实施，JEDI 分析可以与大量程序包连接，这些程序包允许计算分子系统和具有周期性边界条件的系统的电子能量。通过视觉分子动力学 (VMD) 程序自动生成颜色编码的三维结构，可以对应变系统的受力支架进行深入的视觉分析。

JEDI: A versatile code for strain analysis of molecular and periodic systems under deformation