果树基因组与遗传改良
2023年，南京农业大学吴俊教授团队发表在Plant Physiology的题为 “Genomic insights into domestication and genetic improvement of fruit crops”的长篇综述，系统总结了果树基因组学与遗传改良研究领域的最新进展，并展望了未来发展趋势。
原文链接：https://doi.org/10.1093/plphys/kiad273
自2007年发布第一个果树——葡萄（Vitis vinifera）基因组序列以来，至今15多年的时间，国际上已完成90多个水果类果树共160多个基因组组装。该综述系统回顾了过去果树基因组研究工作取得的重要进展，介绍了果树基因组中高杂合、单倍型分型和高倍性问题的解决，以及果树泛基因组的发展，展示了日益丰富的全基因组数据信息为揭示果树的遗传起源和驯化、破译重要农艺性状遗传机制提供前所未有的机会。同时，综述了果树重要功能基因和遗传变异的挖掘与全基因组选择和基因编辑等基因组辅助育种工具的结合，为植物遗传学家和育种工作者改善果实品质、延长存贮和货架期、改造果树株型、缩短童期、增强果树抗病性等方面提供的有力支持。最后，对果树作物无间隙的端粒到端粒基因组、图形基因组、结构变异检测、多组学和多算法联合分析、提高全基因组选择准确性、开发稳定有效的遗传转化和体外再生体系等研究领域存在的问题进行了分析和展望。
首次测序的水果作物的时间线
已测序水果作物的系统发育关系
过去15年中水果作物全基因组测序的数量（A）和质量（B）的分布
水果作物的起源、驯化和改良。A) 不同水果作物起源的地理图。B) 水果作物在驯化和改良过程中表型和遗传多样性变化的示意图。C) 在水果作物驯化和改良过程中报道的选定基因。这些数据基于当前文献，以及一些水果物种有限的研究报告，这些报告集中在有限的选定特征上。
一个针对各种水果作物的基因组辅助遗传改良平台、工具和方法的示意图。
果树育种40年回顾与展望
华中农业大学邓秀新院士团队于2019发表的一篇中文综述，用于果树育种扫盲。
原文连接：http://journals.caass.org.cn/gsxb/CN/10.13925/j.cnki.gsxb.20190094
过去的40年，我国果树品种改良研究大体可划分为3个阶段：
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第一个阶段为1978-1995年，我国各级农业科研机构开展果树资源调查整理、品种比较试验，发掘了一批地方良种,也培育岀一批当时生产上需要的品种。这期间的品种以丰产为主要特征，例如'秦冠'苹果、'国庆一号’温州蜜柑、'黄花'梨、'京亚’葡萄等。
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第二个阶段为1996-2007年，由于科研体制变化及部分研究机构改制等原因，育种工作岀现停顿。
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第三个阶段为2008年以后,特别是国家现代农业产业技术体系建立后，我国果树育种进入有序发展阶段，一批新品种进入产业。尤其是近几年，我国先后牵头或自主完成了甜橙、梨、獗猴桃等果树基因组测序，并对桃的品质性状、柑橘多胚性状等开展了研究，取得突破性进展。这些工作对加快果树品种改良具有里程碑式意义。
改革开放以来的40年，据不完全统计，苹果、柑橘等11种果树在过去40年间共选育了 1968个品种（系），其中，接穗品种（系）1925个，砧木品种（系）43个（表1）。选育品种数最多的是桃、葡萄，分别达到566个和325个。选育品种多的树种除了育种者努力和育种工作传承较好外，还与这两种果树童期短、育种周期相对较短有一定联系。
按品种选育途径进行分析，11种果树19.4%的接穗品种来自芽变选种，63.9%来自杂交育种，16.6%来自实生选种或诱变育种等。值得指出的是，不同树种，育种的主要途径存在明显差异。以芽变选种途径为主的有柑橘、香蕉和苹果等。杂交育种途径为主的有草莓、桃和葡萄。龙眼、荔枝、獗猴桃及杏则主要依赖实生选种，从自然或农家品种中提纯复壮。
40年来，果树育种目标经历了从追求产量到追求品质、抗性以及培育不同成熟期品种的变化。
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http://journals.caass.org.cn/gsxb/CN/10.13925/j.cnki.gsxb.20190094
