利用samtools flagstat 对bam文件统计比对率的时候看的是哪个mapping rate

 

001、 在samtools flagstat 对bam的统计结果中，一共有三个比对率的结果：

 

002、比对率结果应该以哪个为准？

答案是：以3为准

 

003、以山羊、绵羊的fastq数据，绵羊的参考基因组进行比对测试

a、如果以primary mapped对比，基本看不出两者的差异（其中S是sheep，G是goat）

 

b、 如果以 properly paired 比对率看，可以清晰的区分出山羊和绵羊的差异，从这点来看，properly paired 比对率是一个有意义的指标。

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