利用samtools flagstat 对bam文件统计比对率的时候看的是哪个mapping rate

 

001、 在samtools flagstat 对bam的统计结果中,一共有三个比对率的结果:

 

002、比对率结果应该以哪个为准?

答案是:以3为准

 

003、以山羊、绵羊的fastq数据,绵羊的参考基因组进行比对测试

a、如果以primary mapped对比,基本看不出两者的差异(其中S是sheep,G是goat)

 

b、 如果以 properly paired 比对率看,可以清晰的区分出山羊和绵羊的差异,从这点来看,properly paired 比对率是一个有意义的指标。

 。

 

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