vcftools根据个体id提取数据和删除数据

 

001、vcftools根据个体id提取数据

[b20223040323@admin2 test5]$ ls
id.list  outcome.vcf
[b20223040323@admin2 test5]$ cat id.list
GMM5
GMM6
GMM7
GMM8
[b20223040323@admin2 test5]$ grep "^#" outcome.vcf | tail -n 1 | cut -f 10-
GMM1    GMM2    GMM3    GMM4    GMM5    GMM6    GMM7    GMM8    GMM9    GMM10   DOR1    DOR2    DOR3    DOR4    DOR5       DOR6    DOR7    DOR8    DOR9    DOR10   SUN1    SUN2    SUN3    SUN4    SUN5    SUN6    SUN7    SUN8    SUN9       SUN10
[b20223040323@admin2 test5]$ vcftools --vcf outcome.vcf --keep id.list --recode --out part_4 &> /dev/null
[b20223040323@admin2 test5]$ ls
id.list  outcome.vcf  part_4.recode.vcf
[b20223040323@admin2 test5]$ grep "^#" part_4.recode.vcf | tail -n 1 | cut -f 10-

 

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