生信数据库及工具

引言

本文收藏个人生信有用的数据库和工具

数据库

OMIA

OMIA是一个免费的、经过同行评审的知识库，它包含了关于动物遗传特征的信息，特别关注那些与人类疾病相似的特征。该数据库旨在促进对动物模型中遗传性状的研究。

NCBI

NCBI是美国国家生物技术信息中心，提供广泛的生物医学和基因组学数据库及工具，如基因序列、蛋白质结构、文献引用等。用户可以通过特定关键词检索来获取所需的生物学数据，并访问多个专业数据库。

EMBL-EBI

EMBL-EBI是欧洲分子生物学实验室的一部分，专注于生物信息学研究和服务。它提供了多种服务和资源，包括ArrayExpress、ENA（European Nucleotide Archive）、UniProt等，支持从原始实验数据到复杂分析结果的处理。

UCSC

UCSC基因组浏览器由加州大学圣克鲁兹分校开发，是一个强大的在线平台，用于查看和分析多种生物的基因组数据。它可以用来检索基因信息、查看基因组注释、验证PCR引物以及进行序列比对等操作。

NGDC

NGDC是中国国家基因组数据中心，负责管理和分发中国产生的大量基因组数据集。它为研究人员提供了丰富的公共数据资源，包括但不限于基因表达谱、变异位点、代谢途径等信息。

CNGBdb

CNGBdb是中国国家基因库的数据门户，整合了来自不同来源的生命科学数据，如基因序列、样本信息、项目详情等。它还支持个性化数据分析工作流的构建，帮助科学家更有效地利用这些宝贵的数据资源。

GeneCards

GeneCards是一个综合性的基因百科全书，汇集了有关人类基因的各种信息，包括基因名称、别名、定位、功能描述、相关疾病、文献参考等内容。它是探索基因特性和潜在应用的重要工具。

STRING Database

STRING数据库整合了已知和预测的蛋白质相互作用信息，为研究蛋白质网络提供了资源。

工具

ORF Finder

ORF Finder（开放阅读框查找器）用于在用户提交的DNA序列中搜索开放阅读框，并返回每个ORF的范围及其蛋白质翻译。

NCBI BLAST

NCBI的BLAST工具允许用户通过比对查询序列与数据库中的序列来确定相似性，从而识别出同源基因或蛋白质。

ProtParam

ProtParam是ExPASy提供的一个工具，用来计算蛋白质的各种物理化学参数，如分子量、理论等电点(pI)、氨基酸组成等。

Protscale

Protscale是一个在线工具，它可以根据不同的尺度对蛋白质序列进行评分，帮助分析蛋白质的特性。

Signal Peptide Prediction Tool

Signal Peptide Prediction Tool用于预测信号肽的存在及位置，信号肽通常位于分泌蛋白的N端，指导新合成的多肽链进入分泌途径。

NetPhos

NetPhos是一款预测蛋白质磷酸化位点的神经网络工具，能够识别丝氨酸(Ser)、苏氨酸(Thr)和酪氨酸(Tyr)上的潜在磷酸化位点。

TMHMM

TMHMM用于预测跨膜螺旋区域的位置，即预测蛋白质是否含有跨膜结构域以及这些结构域的具体位置。

PSORT II

PSORT II是一款预测蛋白质亚细胞定位的工具，可以帮助理解蛋白质在细胞内的分布情况。

NPSA SOPMA

SOPMA是一种从单一序列出发预测二级结构的方法，NPSA提供了一个自动化界面来进行此预测。

Swiss-Model Repository

Swiss-Model是一个自动化的蛋白质结构建模服务器，可以基于模板生成高质量的三维模型。

PLINK

PLINK是一个全基因组关联研究(WGAS)的数据集处理工具包，支持大规模遗传数据分析。

GCTA

GCTA是一款用于估计SNP芯片数据中个体间遗传相关性的软件，广泛应用于群体遗传学研究。

UNAFold

UNAFold提供了RNA二级结构预测的服务，同时也包含了DNA熔解曲线模拟等功能。

CoExpedia

CoExpedia是一个探索基因共表达模式的平台，有助于发现基因之间的协同表达关系。

MEME Suite

MEME Suite是一套用于识别DNA或蛋白质序列中保守模式的工具集，适用于motif发现和其他序列分析任务。

Venny

Venny是一个简单的在线工具，用于创建维恩图，以直观展示不同集合之间的交集。

Evolgenius

Evolgenius提供有关进化生物学和系统发育分析的帮助文档和支持材料。

CAP3

CAP3是一个短读长序列组装程序，主要用于将重叠的EST序列组装成连续片段（contigs）。

Microbe Notes

Microbe Notes上的这个页面提供了一个全面的生物信息学数据库和软件工具列表，特别关注微生物学领域。它涵盖了广泛的资源，包括但不限于基因组浏览器、序列比对工具、系统发育分析软件、代谢途径数据库等。此页面旨在为研究人员提供一个便捷的入口点，以访问与微生物研究相关的各种在线资源和服务。此外，它还包含了对每个列出工具或数据库的简要介绍，帮助用户快速了解其主要用途和特点。

总结

生信数据库与工具多种多样，风姿多彩，选择适合自己的才是做好生信的最佳方案。最后警醒个人和同志一味的去选择或寻找各种各样的工具，远不如实实在在的去实践或实操更有意义。如果我们一定要为了获得实际的好处而上路，那么很多美好的事情都不会发生，就像我们种的这块地，重要的不是果实，而是播种的过程。