ML树构建简明教程

news/2025/2/22 12:55:31/文章来源:https://www.cnblogs.com/yusy/p/18727174

数据准备

Teamviewer登录实验室服务器,访问http://172.17.128.86:8501/CleanData,按照页面对应的格式要求分别从NCBI和GISAID数据库下载数据,拖拽到对应的位置,点击GO即可。

Gisaid

DNA Accession no.|DNA INSDC|Isolate name|Collection date|Segment

NCBI

Format:>{accession}|{strain}|{year}-{month}-{day}|{segname}|{country}|{host}

数据清洗

根据生成的meatadata表格,按照自己的标准进行数据过滤,只保留相对高质量的数据集。

序列比对

复制表格的最后一列,为只含登录号的Fasta格式序列。新建文本文件,命名为xx.fas,把最后一列粘贴进去,需要替换掉excel自带的"

打开Bioaider的Mafft

比对后的文件用Mega等软件裁剪,只保留CDS区。

去重

打开Bioaider的Remove High-Similar Sequence功能

Modelfinder选择合适的模型

启动Phylosuite中的ModelFinder

配置Modelfinder运行参数

获得数据最适合的替换模型

IQ-Tree建树

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