SNeP1.1 Segmentation fault (core dumped) 段错误

 

001、问题

 

 

002、问题原因：ped文件用tab分割

[b20223040323@admin2 test5]$ ls
outcome.map  outcome.ped  step1.slurm
[b20223040323@admin2 test5]$ head outcome.ped | cut -f 1-8
GMM1    GMM1    0       0       0       -9      A G     G C
GMM2    GMM2    0       0       0       -9      A A     G C
GMM3    GMM3    0       0       0       -9      A G     G C
GMM4    GMM4    0       0       0       -9      G G     C C
GMM5    GMM5    0       0       0       -9      A G     C C
GMM6    GMM6    0       0       0       -9      G G     C C
GMM7    GMM7    0       0       0       -9      A G     G C
GMM8    GMM8    0       0       0       -9      A A     G G
GMM9    GMM9    0       0       0       -9      A G     C C
GMM10   GMM10   0       0       0       -9      G G     C C

 。

003、解决方法：将制表符转换为空格

[b20223040323@admin2 test5]$ plink --file outcome --sheep --recode --out outcome &> /dev/null   ## snp之间转换为空格
[b20223040323@admin2 test5]$ ls
outcome.log  outcome.map  outcome.nosex  outcome.ped  step1.slurm

 。

 

004、测试

SNeP1.1 -ped outcome.ped -map outcome.map -ld -out ./ne

 

 。