当我们整理好一版本的单细胞转录组数据分析代码，并完成一个项目的单细胞转录组数据分析项目。当我们再进行另外一个单细胞转录组数据的项目分析时，突然发现原来跑通的代谢，突然一直报错那是一件很苦恼的问题，想必各位科研党遇到这种问题是不是也有砸电脑的心情。今天主要写一个如何解决拟时序分析时由于旧版本Monocle导致的orderCells过程的报错问题。
1. 报错原因
mycds <- orderCells(mycds)
Error: ! nei() was deprecated in igraph 2.1.0 and is now defunct. i Please use .nei()instead. Run rlang::last_trace() to see where the error occurred.
2. 经过多轮的chatgpt问答，最终得到一个简单的解决方法，避免各位科研党再次花时间跟chatgpt对话了，按我的步骤轻松搞定，解决方案如下：
最简单的方法就是更新Monocle，传统的方法按照Monocle3包会报错。因此，我们直接从远程下载Monocle3，并按安装。
1）安装Monocle3之前先安装batchelor
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("batchelor")
2）成功后直接远程安装Monocle3
remotes::install_github("cole-trapnell-lab/monocle3")
3）AI推荐了很多种解决方案，我认为这种方案是最简单的。
